En 1561, el español Pedro del Castillo fundó la Ciudad de Mendoza, lo cual tuvo lugar gracias a que los caciques huarpes, Don Felipe Esteme y Don Hernando Goaymaye, habían cedido terrenos para la fundación. El segundo de los caciques, junto a sus indios, poblaba los actuales distritos de Dorrego y Pedro Molina. Cuando llegaron los españoles se encontraron con cuatro acequias huarpes, donde se emplazaría la Ciudad de Mendoza. Dos de estos cursos de agua se encontraban en lo que hoy es el Departamento de Guaymallén y los otros dos en el actual Departamento de Capital.
El trazado de veinticinco manzanas para la Ciudad de Mendoza, abarcaba una porción del actual distrito de Pedro Molina en Guaymallén. Como el actual distrito de San José había constituido en tiempos fundacionales el “ejido” de la Ciudad de Mendoza, es decir la tierra comunal para pastoreo, ya se perfilaba el carácter inminentemente rural y pastoril del departamento.
Durante los primeros trescientos años de vida de la Ciudad de Mendoza, el actual distrito de San José constituía parte de sus arrabales. En lengua huarpe Guay-mayen significa “tierra de ciénagas, vegas o bañados”, confirmando esto con acequias de regadío que lo atravesaban de sur a norte, lo cual facilitó tanto la expansión de chacras y huertas, como viñedos y bodegas.
En 1858 se creó el Departamento de Campaña de Guaymallén con cabecera en la barriada de San José y subdividido en tres distritos. La cercanía con el Municipio de Capital, del cual lo separaba nada más que el Canal Zanjón, conspiró para su consolidación como cabecera de Distrito.
A posteriori, una nueva villa creada a la vera del Carril Nacional Bª de los Andes comenzó a adquirir mayor importancia estratégica y se constituyó en la sede del ejecutivo comunal de Guaymallén en 1895 con el nombre de Nueva Villa de Guaymallén, entendiendo como “villa vieja” al distrito de San José que siguió dependiendo de la nueva administración.
Al ser paso obligado hacia el litoral, es decir hacia la capital del virreinato primero y de la república después, adoptó su carácter rural y de circulación, y dio lugar al establecimiento de postas naciendo así las poblaciones de Rodeo de la Cruz, Kilómetro 8, entre otras.