FLORA
El territorio de Junín está ocupado casi en su totalidad por cultivos, de modo que la vegetación autóctona ha debido adaptarse y está restringida a unos cuantos sectores. Los pocos ejemplares que pueden encontrarse son los que han sobrevivido al desmonte y a la transformación de las condiciones del suelo a causa del riego: algarrobo, jarilla, zampa, piquillín, retamo, jume y, cercanos a los cursos de agua, carrizos, cortaderas y junquillos.
Junín está incluido totalmente en la formación del algarrobal, la unidad más extensa de Mendoza, asentada sobre todas las planicies del este y caracterizada por suelos de origen sedimentario (lacustre, fluvial y eólico). Dicha formación, como su nombre lo indica, tiene por principal elemento al algarrobo dulce (Prosopis flexuosa).
FAUNA
La fauna de Junín se encuentra desplazada casi en su totalidad, dado el alto grado de humanización del paisaje.
En otros tiempos fueron abundantes animales como ratones, cuyes, peludos, jotes, águilas, torcazas, etc. Los búhos, picaflores, palomas y otras aves se han adaptado exitosamente y conviven con poblaciones humanas.
HIDROGRAFÍA
El riego del departamento de Junín proviene de los ríos Mendoza y Tunuyán, que tocan sus límites noroeste y sudeste respectivamente. Los sedimentos traídos por ambos ríos han constituido, a lo largo de miles de años, el manto superficial del suelo.
En la actualidad el hombre tiene el control de las aguas y las canaliza por medio de un complejo sistema de riego. Esa es la base de la prosperidad agrícola de Junín.
Dique “Gobernador Tiburcio Benegas”:
Está emplazado en el extremo suroeste del departamento, donde se inicia el curso inferior del río Tunuyán. Es un dique derivador del cual depende buena parte de los cultivos de Junín.
