FLORA
Hasta principios del siglo XX, existía en Guaymallén una serie de pantanos en los que se podían encontrar ejemplares de totora, junquillo, carrizo y cortadera, entre otras especies acuáticas. Sin embargo, estos ecosistemas fueron eliminados por el hombre, en su búsqueda de nuevas tierras para la agricultura. Había también terrenos de suelo salino en los que crecían el pasto salado, la vidriera, la pichana y el retortuño.
En la actualidad pueden encontrarse ejemplares de algarrobo dulce (Prosopis flexuosa). Antaño eran muchos más, pero han sido talados a lo largo de los años: chañar (Geoffroea decorticans), jarilla (Larrea cuneifolia – Larrea divaricata), carrizo (Phragmtites comunis), aromo (Acacia aroma, Acacia caven, Acacia atramentaria) clavel amarillo (Cheirantus cheiri), cortadera (Cortaderia rudiuscula), duraznillo (Cestrum parqui), llantén (Plantagolanceolata), retamo (Bulnesia retama), retortuño (Prosopis strombulifera), sauce colorado (Salix humboldtiana), pájaro bobo (Tessaria absinthioides), pichana (Psila saprtradis) y otras especies adaptadas a la aridez.
FAUNA
Al igual que muchas especies vegetales, la fauna autóctona ha sido desplazada de muchos sitios por el hombre. No obstante, en las zonas rurales de Guaymallén pueden encontrarse ejemplares de cuyes y otros roedores. Más adaptables son las aves. A las siempre exitosas palomas y gorriones (una especie traída del Viejo Mundo), se unen tordos, horneros, jilgueros, torcazas, chimangos, benteveos, zorzales, colibríes, cardenales, urracas.
HIDROGRAFÍA
El departamento de Guaymallén es una zona irrigada por el río Mendoza y por canales principales como es el Cacique Guaymallén.
Arroyos y Canales:
Los seres humanos han construido, desde épocas precolombinas, cauces artificiales a fin de volver más habitable el desierto. Los canales o zanjones son los más importantes; a partir de ellos parten numerosas hijuelas que mantienen el departamento bajo riego. El canal zanjón “Cacique Guaymallén” fue el que marcó los límites oeste y norte del departamento; conduce el agua del río Mendoza y la distribuye por medio de hijuelas (Banderita, Tobar Grande y Tobar Chico) hasta las zonas que lo requieren. Del “Cacique Guaymallén” depende buena parte del oasis norte mendocino.
Arroyos y antiguos complejos lacustres:
El departamento no posee cursos de agua originados en él, a no ser por algunos arroyos de mediana importancia como el Leyes, que recorre el sector este.
Por demás, antaño existieron pantanos y cuerpos lacustres que fueron desecados para ceder terreno a la agricultura. Así desapareció el enorme complejo lacustre del río Mendoza, desde Barrancas (sur de Maipú) hasta Jocolí (Lavalle), que incluía buena parte del actual Guaymallén. También desaparecieron los pantanos laterales de los arroyos Leyes y Tulumaya al norte.
