FLORA
En Tupungato se distinguen especies vegetales representativas de tres provincias fitogeográficas distintas: Andina, Puneña y Del Monte.
– La provincia fitogeográfica Andina caracteriza a la Cordillera Frontal y Cordillera Principal (entre los 3.000 y 4.000 m.s.n.m.). Predominan las gramíneas, como la yareta, musgos, líquenes y algas rojas de las nieves.
– La provincia Puneña abarca parte de la Precordillera, Cordillera Frontal y Cordillera Principal (entre los 3.000 y los 1.500 m.s.n.m.). aparecen coirones, cactáceas y yaretas.
– La provincia fitogeográfica del Monte (por debajo de los 1.500 m.s.n.m.) comprende especies como la jarilla, la cortadera, la chañar brea, la cactáceas, el piquillín, el molle y muchas otras.
FAUNA
Aves: cóndor, catita de la sierra, chirigua dorada, chingolo, agachona corralera, ñandú, chimango, choique, patos, garzas, paloma cordillerana, perdices y martiretas.
Mamíferos herbívoros: guanaco, conejos, liebres y otros roedores, como el cuis, el tunduque y la rata de los Andes.
Mamíferos carnívoros: comadrejas, zorros, chiñes, gatos monteses y pumas.
Peces: en río y arroyos hay abundancia de truchas, muy apreciadas por los pescadores.
Reptiles: diversidad de lagartijas y víboras.
HIDROGRAFIA
Los ríos y arroyos de Tupungato nacen en la Cordillera Frontal e integran la cuenca del río Tunuyán.
En la ladera norte del volcán Tupungato nace el río Tupungato. Sus aguas no son aprovechadas dentro del departamento, sino que, junto con el río de las Vacas, alimenta el caudal del río Mendoza.
Por el contrario, el cauce más importante para el departamento es el río de Las Tunas, que provee la mayor cantidad de agua.
Otros cauces tupungatinos: ríos Santa Clara y Guiñazú, arroyos Anchayuyo, del Yerbal, Cuevas, Guevara, de La Carrera y Chupasangral. El Anchayuyo es aprovechado para la agricultura y va perdiendo su caudal hasta desaparecer cerca de La Arboleda, aunque reaparece aguas abajo gracias al aporte de surgentes y termina desembocando en el río Tunuyán como arroyo de La Estacada.