FLORA
En el departamento de San Rafael están representados todos los tipos de formaciones vegetales que caracterizan a Mendoza. Así, pueden encontrarse ejemplares de plantas silvestres autóctonas tales como el solupe, el coirón, la cortadera, el junco, la jarilla, el algarrobo dulce, el chañar, el retamo, el piquillín, la zampa y la pichanilla entre muchas otras.
En la zona oriental del departamento predomina la vegetación halófila, que convive con la formación del algarrobal. En la zona centro, se desarrollan las formaciones del jarillal y de las Huayquerías.
En la parte sur de San Rafael, en cambio, aparece la vegetación correspondiente a las formaciones del coironal y el solupal. En la zona andina, la vegetación va disminuyendo con la altura, de modo que a partir de los 4.000 m.s.n.m. los ejemplares son muy escasos.
FAUNA
En San Rafael aparecen especies animales representativas de todos los paisajes de Mendoza, como zorros, guanacos, suris y ñandúes, numerosas especies de roedores y reptiles, caranchos, chimangos, jotes y otras aves rapaces, quirquinchos, piches y pichiciegos (entre otros armadillos); y muchas más.
HIDROGRAFÍA
El departamento de San Rafael se incluye en el oasis sur de Mendoza y ha podido desarrollarse mediante el aprovechamiento de dos importantes ríos, el Diamante y el Atuel. El caudal promedio del primero se ha calculado en 65 m3/s, mientras que el del segundo ronda los 60 m3/s.
Diques y Embalses de San Rafael:
Los ríos Diamante y Atuel han podido aprovecharse mejor mediante diques y embalses, que favorecen la canalización de agua para el riego artificial de cultivos, el consumo humano y la generación de energía hidroeléctrica y también actividades recreativas.
Entre los diques construidos para administrar las aguas del Diamante, pueden mencionarse Agua del Toro (embalse), Los Reyunos (embalse), El Tigre (embalse), Galileo Vitali (derivador) y Vidalino (derivador); mientras que los diques más destacados del Atuel son El Nihuil (embalse), Tierras Blancas (derivador), Aisol (derivador), Valle Grande (embalse) y Rincón del Indio (derivador).
De todos ellos, son considerados más importantes los embalses Agua del Toro y Los Reyunos (sobre el río Diamante) y El Nihuil y Valle Grande (en el río Atuel).