FLORA
En el departamento pueden identificarse dos formaciones vegetales: la del solupal (en la zona este de Malargüe) y las formaciones de montañas (en la zona oeste), que ocupa los cordones cordilleranos y las cumbres más elevadas de la Payunia.
Entre las especies que pueden encontrarse en Malargüe tenemos la jarilla, el solupe, el molle, el colimamil, el romerillo, la vidriera, el coirón, etc. Predominan los arbustos; la mayoría de los árboles malargüinos representan a especies introducidas y han sido cultivados por el hombre, como el álamo.
FAUNA
El departamento posee dos importantes reservas faunísticas: Payunia y Llancanelo.
*Reserva Provincial La Payunia
Alberga guanacos (cerca de 12.000 ejemplares, la mayor población en la provincia), zorros grises, chinchillones de la sierra, ñandúes petisos, maras, zorros colorados, gatos pajareros, piches, chinchillas y pumas entre otros. También aparecen lagartos cola de piche y lagartos de escorial.
*Reserva Faunística Laguna de Llancanelo.
Podemos encontrar especies destacadas, entre ellas unas 130 especies de aves (flamencos, gansos blancos, cisnes de cuello negro, cisnes coscoroas, macaes peladas, garzas, patos, teros reales, garzas brujas, peuquenes, gallaretas, chorlos, jotes, cigüeñas y otras); también mamíferos como coipos, cuyes, zorros y vizcachas.
HIDROGRAFÍA
Ríos de Malargüe: El departamento de Malargüe posee una rica hidrografía. Para empezar, parte de sus límites está determinada por el río Colorado (formado a partir de la confluencia entre los ríos Grande y Barrancas, que a su vez nacen en la cordillera) y el Atuel que, si bien nace en el departamento, no es aprovechado en su territorio.
Río Malargüe:
Nace en la laguna del mismo nombre, recibe las aguas de varios arroyos, entre ellos Chacal, Alamillo, Mocho, Malo y Negro. Irriga pequeñas extensiones, mediante la distribución de aguas del dique derivador Malargüe. Este río es bastante profundo, tiene un recorrido de 75 km. y desemboca en la laguna Llancanelo. Sus aguas son saladas y en él se practica la pesca de pejerreyes y truchas salmonadas. Tiene aprovechamiento energético en el tramo Arroyo Minas y Castillos de Pincheira.
Laguna de Llancanelo:
Es uno de los humedales cuyanos más importantes, famoso por las especies animales y vegetales que allí viven y por las posibilidades turísticas que ofrece.
Dique “Blas Brísoli”
Dique derivador que contiene las aguas del río Malargüe, ubicado a 12 km. de la ciudad.
