FLORA
En General San Martín pueden hallarse especies de plantas hidrófilas (asociadas al curso del río Mendoza), halófilas (en la zona de desagües) y samófilas (al norte). La vegetación silvestre predominante es característica de la provincia fitogeográfica del Monte.: jarillas, junquillos, zampas y jumes, entre otras.
Asociados al río Mendoza, prosperan la cortadera y el tamarindo; mientras que en los suelos salinos húmedos, se desarrolla la pichana.
Quedan pocos ejemplares de algarrobo, únicos sobrevivientes de los bosques explotados para la obtención de postes utilizados para apuntalar viñedos y levantar alambrados.
FAUNA
En las zonas no cultivadas de San Martín hay presencia de especies animales autóctonas tales como vizcachas, peludos, pichis, pichiciegos, liebres y zorros. Aparecen también numerosos reptiles y aves carroñeras cuyanas, como el jote y el carancho.
En las zonas pobladas existen, por otra parte, varias especies de aves silvestres habituadas a convivir con el hombre, como horneros, gorriones, calandrias y otras.
HIDROGRAFIA
El único curso de agua permanente que existe en el departamento de General San Martín es el río Mendoza que, de hecho, determina su límite con el departamento de Maipú.
Por demás, el aprovechamiento de las aguas del Mendoza y del Tunuyán ha convertido al departamento en el próspero oasis que es en la actualidad, un fututo imaginado por el General San Martín cuando mandó trazar las acequias de los antiguos Barriales en 1814.