FLORA
O território de Junín está quase totalmente ocupado por cultivos, de modo que a vegetação teve de se adaptar e está restrita a poucos setores. Os poucos exemplares que podem ser encontrados são aqueles que sobreviveram ao desmatamento e à transformação das condições do solo devido à irrigação: alfarrobeiras, jarilla, zampa, piquillín, retamo, jume, e perto dos cursos de água, carrizos, cortaderas e junquillos.
Junín está totalmente incluído na formação de algarrobales, a unidade mais extensa de Mendoza, instaurada nas planícies do leste e caracterizada por solos de origem sedimentar (lacustre, fluvial e eólio). Esta formação, como o próprio nome sugere, tem como principal elemento o Algarrobo Doce (Prosopis flexuosa).
FAUNA
A fauna de Junín está quase totalmente transformada, dado o elevado grau de humanização da paisagem.
Em outras ocasiões eram abundantes animais como ratos, cobaias, tatus, urubus, águias, pombas, e assim por diante. As corujas, beija-flores, pombos e outros pássaros se adaptaram com sucesso e convivem com as populações humanas.
HIDROGRAFIA
A irrigação do departamento de Junín vem dos rios Mendoza e Tunuyán, que tocam os seus limites nordeste e sudeste respectivamente. Os sedimentos trazidos pelos dois rios, já a milhares de anos, estão formando o manto superficial do solo.
