A usurpação espanhola do território que hoje em dia forma San Martín, data de 1563, ano em que o capitão Pedro Moyano Cornejo atravessou o rio Mendoza e se instalou no leste dessas terras que eram do cacique Pallamay. No principio ficou conhecida como Rodeo de Moyano ou La Reducción.
Logo, o território de Mendoza foi dividido em três capitanias controladas pela Igreja Católica. O atual San Martín pertencia a um deles: Corocorto. Os primeiros colonos espanhóis instalados no ângulo formado pelos rios Mendoza e Tunuyán, que por sua condição de terreno alagadiço, ficou conhecido como Los Barriales.
O desenvolvimento da região foi impulsionado pela instalação do posto, o qual hoje se conhece como San Martín, e que com o passar dos anos utilizou os recursos hídricos, com a construção de canais, formando um dos oásis irrigados mais importantes.
Contudo, quem realmente deu o impulso final a esta área, foi o General José de San Martín, com o início da campanha militar que levaria à independência do Chile e do Peru.
O objetivo do General era o de ajudar os Exércitos do chileno Bernardo O’Higgins a derrotar a realeza espanhola e, por isso, considerava Mendoza como o local ideal para apoiar esta iniciativa. Propiciou a população da área através da venda de terrenos, porque ele temia que esta fosse invadida. Ele recebeu duzentos hectares, nos quais promoveu o cultivo utilizando irrigação, de vinhedos e pomares, e também a instalação do primeiro moinho de farinha.
Mais tarde, em 20 de dezembro de 1816 o governador de Mendoza Toribio de Luzuriaga, formalmente fundou o povoado com o nome de Villa de los Barriales. No entanto, em 1823, através de um decreto do então governador Pedro Molina, a cidade foi nomeada San Martín em homenagem ao General.
Posteriormente, em 1885, com a chegada da estrada de ferro, a construção das oficinas da estrada de ferro na vizinha cidade de Palmira, e com a conseqüente chegada de imigrantes, sobretudo italianos e espanhóis, se tornou uma das mais importantes estações ferroviárias no país.
Finalmente, em meados do século XX, a construção da Rota Nacional 7, a qual comunica Buenos Aires e Mendoza com Santiago do Chile, novamente posicionou o Departamento de San Martín como uma localização estratégica.
