Após a fundação da cidade de Mendoza, a meados do século XVI, por espanhóis que vieram do Chile, sob o controle do capitão Juan Jofré de Loaysa y Montesa. A partir de 1562 esse capitão começou a distribuição de terras no território circunvizinho, o que resultou que o capitão Pedro Moyano y Cornejo estabeleceu sua capitania em direção ao leste do que conhecemos hoje em dia como Rio Mendoza.
Entendia-se como “capitania” ao poder que a Coroa espanhola concedida aos colonizadores para administrar a terra e para utilizar os habitantes que nelas existiam; nome que por extensão foi aplicado também ao lugar ocupado para esse fim.
As regiões assumidas por Pedro Moyano y Cornejo eram anteriormente chamadas pelos nativos Tumbra e Uyata; as quais desde então começaram a ser conhecidas como Rodeos de Moyano, e compreendiam o que hoje em dia são os departamentos de Junín e de Rivadavia. De acordo com crônicas da época, a ocupação dos territórios foi facilitada pela mansidão dos huarpes nativos.
No ano de 1721 os capitães Juan y Francisco de Corvalán y Castilla tomaram posse dos Rodeos, onde décadas mais tarde se criaria uma paragem. Em torno desta originou-se mais tarde a cidade cabeceira do departamento de Junín.
A instituição de Junín como departamento data de 18 de janeiro de 1859, sendo o governador provincial o General Juan Cornelio Moyano. O decreto respectivo determinava que o departamento de San Martin seria dividido em dois, um deles conservando seu nome e o restante do departamento receberia o nome de Junín, como forma de recordação da batalha lutada por Simón Bolívar nos planaltos de Junín (Alto Peru), contra os espanhóis, em 6 de agosto de 1824.
