Esta tierra fue fundada por Don Juan Amaro del Campo, quién creara la Estancia del Totoral, hoy actual Villa Cabecera de nuestro departamento. El avance de este jefe hispano facilitó años más tarde, la radicación de otros fundos , tales como Saraguilla, Ucumale y Machinte.
En pro de la evangelización, ya a comienzos del siglo XVII, el Obispo de Chile Fray Pérez de Espinosa, se radicó en la zona y fundó el Curato de Uco. Posteriormente arriban al Valle los Jesuitas creando los fundos Estancia de Jesús María y José de Uco.
Unos kilómetros más hacia el sur, llega el comandante Amigorena, y funda en el año 1770 el Fuerte de San Carlos tomando allí gran impulso la actividad agrícola-ganadera, quedando así todos los fundos y estancias bajo la jurisdicción de dicho fuerte.
Ya en el año 1786 el Virrey Sobremonte informa a España que el Curato de Uco cuenta con 412 habitantes y en el año 1778 logra el reconocimiento por el paso a Chile por el Portillo , circunstancia ésta que propicia el crecimiento y progreso del valle (Curato de Uco), hoy Valle de Uco, del que es parte nuestro departamento.
Tunuyán perteneció en sus orígenes al Fuerte de San Carlos (hoy Departamento de San Carlos). Por el decreto 08 de noviembre de 1858, la jurisdicción de San Carlos y Tupungato, con cabecera en San Carlos fue dividida en dos departamentos: Tunuyán y Tupungato, con cabecera en Villa de La Arboleda.
El 22 de agosto de 1880 el Gobierno de Mendoza, dictó un decreto mediante el cual establecía la jurisdicción de la Comisaría sur de Tupungato.
El 25 de noviembre del mismo año, la Cámara Legislativa sancionó la ley que convirtió en departamento al territorio asignado a la comisaría, con el nombre de Tunuyán y definitivamente se crea el departamento el 30 de noviembre de 1880, bajo el Gobierno Provincial de Don Elías Villanueva, quién aceptara una donación de 9 hectáreas de tierra situadas en el Totoral destinadas al emplazamiento de la actual Ciudad de Tunuyán.
Hoy el departamento, es albergue definitivo de muchos extranjeros que se enamoraron del buen sol, tierra y clima del valle.