FLORA
Neste departamento pode-se identificar duas formações vegetais: a solupal (na região leste de Malargüe) e as formações de montanha (na região oeste), que ocupam as áreas cordilheiranas e os cumes mais elevados da Payunia.
Entre as espécies que podem ser encontradas em Malargüe temos a jarilla, o solupe, o molle, o colimamil, o romerillo, a vidriera, o coirón, etc. Predominam os arbustos; a maior parte das árvores malargüinas representa espécies introduzidas que foram cultivadas pelo homem, tais como o Álamo.
FAUNA
O departamento tem duas grandes reservas de fauna: Payunia e Llancanelo.
* Reserva Provincial La Payunia
Abriga guanacos (cerca de 12.000 exemplares, a maior população da província), raposas cinza, chinchillones das montanhas, ñandúes petisos, maras, raposas, gatos pajareros e piches, entre outros. Aparecem também lagartos de cola de piche e lagartos escorial.
* Reserva Faunística Laguna de Llancanelo.
Aí podemos encontrar espécies predominantes, incluindo cerca de 130 espécies de aves (flamingos, gansos branco, cisnes de pescoço preto, cisne de coroas, macaes pelados, garças, aptos, quero-queros reais, garças bruxas, peuquenes, gallareta, chorlos, jotes, cegonhas e outras), e também mamíferos como coipos, cobaias, raposas e vizcachas.
HIDROGRAFIA
Rios de Malargüe: O departamento de Malargüe tem uma rica hidrografia. Para começar, alguns dos seus limites são determinados pelo rio Colorado (formado a partir da confluência entre os rios Grande e Barrancas, os quais, por sua vez, começam nas montanhas) e o Atuel que, embora comece no departamento não é utilizado em seu território.
Rio Malargüe:
Nasce na lagoa de mesmo nome, recebe água de vários ribeiros, incluindo Chacal, Alamillo, Mocho, Malo e Negro. Irriga pequenas extensões através da distribuição das águas da barragem de Malargüe. Este rio é muito profundo, tem uma extensão de 75 quilômetros e deságua na laguna de Llancanelo. As suas águas são salgadas e nele se pratica a pesca de pejerreyes e de truta salmão. Além disso, são aproveitadas para a produção de energia no trecho Arroyo Minas e Castillos de Pincheira.
Laguna de Llancanelo:
É uma das zonas úmidas cuyanas mais importantes, famosa pelas espécies animais e vegetais que ali vivem e as possibilidades turísticas que oferece.
Dique “Blas Brísoli”
Dique derivador que recebe as águas do rio Malargüe, situado a 12 quilômetros da cidade.
