FLORA
A zona oeste do Departamento conserva alguma vegetação nativa, contudo o resto da paisagem está fortemente humanizada (é um Departamento quase inteiramente urbanizado), e por isso entende-se que a vegetação original foi erradicada em grande parte para dar lugar a população e aos seus estabelecimentos, bem como pela utilização da madeira como lenha ou postes.
Algumas espécies de plantas que sobrevivem em Godoy Cruz:
– Na área de declive ou em lugares altos com um nível máximo de escoamento: chañar brea (Cercidium praecox) e retama (Bulnesia retama).
– Nas áreas de planície: Jarilla (Larrea divaricata) e Jarilla macho (Zuccagnia puntata).
– Nos canais preenchidos com materiais quaternários: Jarilla (Larrea divaricata e Larrea Cuneifolia), retama (Bulnesia retama) e chañar (Geoffroea decorticans)
FAUNA
Os animais nativos foram principalmente deslocados pelo progresso urbano.
Aves urbanas: Alguns pássaros nativos se adaptaram à cidade, como os beija-flores.
Um fato marcante são as espécies que aprenderam a viver num ambiente de cidade como: chingola, pititorras, andorinhas, benteveos, torcazas e colibris. Além dessas, as pombas manchadas e os pardais (uma espécie de origem européia) também são encontrados na maior parte do Departamento.
HIDROGRAFIA
O Departamento não tem canais naturais permanentes, conta somente com uma rede de córregos e riachos que permanecem secos a maior parte do ano. Estes cursos adquirem uma dramática importância durante as cheias (quando há chuvas torrenciais na Pré-Cordilheira) e são caracterizados pela violência sem precedentes de suas correntezas, capazes de transportar toneladas de pedras, areia e barro. Esses materiais são depositados nas acéquias, e canais de esgoto, obstruindo-os e causando inundações e cheias.
Canais:
O canais Frias e Maure atuam como fronteiras departamentais e são essenciais para defender a cidade contra as inundações. O abastecimento de água é realizado através dos canais Cacique Guaymallen, Jarillal e Civit, que percorrem o Departamento de norte a sul e trazem o elemento vital desde o rio Mendoza.