FLORA
Até o início do século XX, em Guaymallén havia uma série de pântanos nos quais se podiam encontrar exemplares de totora, junquillo, carrizo e cortadera, entre outras espécies aquáticas. No entanto, estes ecossistemas foram eliminados pelo homem da busca de novas terras para a agricultura. Havia também áreas de solo salino nas quais cresciam capim salgado, vidriera, pichana e retortuño.
Atualmente podem ser encontrados alguns exemplares de algarrobo dulce (Prosopis flexuosa). No passado eram muitos mais, mas foram sendo eliminados ao longo dos anos: chañar (Geoffroea decorticans), jarilla (Larrea cuneifolia – Larrea divaricata), carriozo (Phragmites communis), aromo (Acacia aroma, Acacia caven, Acacia atramentaria) cravo amarelo (Cheirantus cheiri), cortadera (Cortaderia rudiuscula), duraznillo (Cestrum parqui), llantén (Plantagolanceolata), retamo (Bulnesia retama), retortuño (Prosopis strombulifera), sauce colorado (Salix humboldtiana), pájaro bobo (Tessaria absinthioides), pichana (Psila spartioides) e outras espécies adaptadas à aridez.
FAUNA
À semelhança de muitas espécies de plantas, a fauna silvestre também foi deslocada de muitos lugares pelos seres humanos. No entanto, nas áreas rurais de Guaymallén podem-se encontrar exemplares de preás e outros roedores. As aves são as espécies mais adaptáveis. As sempre bem sucedidas pombas e pardais (uma espécie trazida do Velho Mundo) juntam-se a tordos, horneros, jilgueros, torcazas, chimangos, benteveos, zorzales, colibris, cardeais, e urracas.
HIDROGRAFIA
O Departamento Guaymallén é uma área irrigada pelo rio Mendoza e por canais principais como o Cacique Guaymallén.
Riachos e canais:
Os seres humanos construíram, desde tempos pré-colombianos, canais artificiais, a fim de tornar o deserto habitável. Os canais ou valetas são os mais importantes, uma vez que de muitos deles partem outras canaletas que manterão o Departamento sob irrigação. O canal “Cacique Guaymallén” delimita o Departamento no oeste e norte; conduz a água do rio Mendoza e a distribuí através das canaletas (Banderita, Tobar Grande e Tobar Chico) para as áreas que o necessitam. Do “Cacique Guaymallén” dependem boa parte do oásis norte de Mendoza.
Riachos e antigos complexos lacunares:
O Departamento não tem rios que se originem nele, a não ser por alguns riachos de média importância como o Leyes, que recorre o setor leste.
Por outro lado, houve uma época em que existiam pântanos e outros corpos d’água que foram aterrados para ceder terreno à agricultura. Assim, o enorme complexo lacustre do rio Mendoza desapareceu, desde Barrancas (sul de Maipú), até Jocolí (Lavalle), que incluía boa parte da atual Guaymallén. Além disso, também desapareceram os pântanos laterais dos córregos Leyes e Tulumaya ao norte.