Em dezembro de 1552 a área foi explorada pelo conquistador espanhol Francisco de Villagra. No ano 1846 foi construído o Forte Malargüe e um ano mais tarde fundou-se a vila El Milagro. Em 30 de abril de 1877, em uma área deserta e não sujeita ao controle do Estado e que o governo nacional dizia ser sua, a legislatura de Mendoza criou o Departamento de Malargüe. Em 21 de abril de 1879, no âmbito da Campanha do Deserto, partiu do Forte General San Martin, conhecido como O Forte El Alamito, a Quarta Divisão sob o comando do Tenente Coronel Napoleón Uriburu, com os Regimentos de Cavalaria 7 e 12, o Batalhão Nova Criação, uma Bateria de Artilharia de Montanha, 1 ª e 2 ª da Companhia da Guarda Nacional de Cavalaria e um corpo de médicos de engenheiros, somando um total de 941 militares. Em 1886, é fundada por um decreto, na base do forte El Alamito, a cidade de Malargüe, nome que foi mudado em 1887 pelo coronel Beltran, em 1892; posteriormente o departamento foi anulado e o território é integrado como um distrito do Departamento 25 de Maio. Em 1955, o departamento é restabelecido como o departamento de Malargüe original.
