Quando os primeiros conquistadores espanhóis chegaram a este vale, eles encontraram diversos grupos indígenas que viviam numa estreita relação com os canais aluviais, a fim de facilitar o seu trabalho na agricultura. Uma grande porcentagem dos canais de irrigação dentro do atual sistema de irrigação tem uma história pré-hispânica e Godoy Cruz não é uma exceção a esse contexto.
Julgando a partir de vestígios arqueológicos encontrados no Departamento, podemos pensar em vestígios da tribo Tunuyán e não numa presença huarpeana, como se afirmava inicialmente, porque esta ocorreu apenas no final do século XV, com a dominação inca do nosso território.
Afirma o historiador mendocino Isidro Maza que pouco tempo após a fundação de Mendoza, o Capitão Lope de la Peña se dirigiu ao sul, ao longo das margens córrego Cacique Guaymallén estabeleceu uma fazenda.
Com a morte do Capitão Lope de la Peña no ano 1600, sua mulher doou a fazenda ao convento de Santo Domingo Soriano e a propriedade foi renomeada “Chacras de Santo Domingo” atual área de Puente Olive.
Aí os padres dominicanos colonizaram a índios e mestiços, catequizando-os dentro dos princípios da religião cristã.
* O Oratório de San Vicente
Em 1753 nestas terras se estabeleceu Don Tomás de Coria e Bohorquez, quem construiu um oratório em homenagem ao religioso espanhol Dominicano San Vicente Ferrer em seu casarão. Este oratório tornou-se uma paróquia em torno da qual se estabeleceu uma aldeia chamada Villa de San Vicente.
Em 1819, os cidadãos do Bairro de São Vicente pediram que se construísse uma praça pública num lugar ao lado da capela de San Vincent. Ao redor da praça foram estabelecidas muitas lojas e casas de famílias, incluindo a residência da família Tomba (hoje em dia o Banco Nación).
Em 1855 o Governador de Mendoza, Don Pedro Pascual Segura, separou o atual departamento Luján do território de San Vicente, dizendo que “neste último, havia uma praça e uma capela, as condições necessárias para que tenha o caráter de cidade.”
* Criação do Departamento de Belgrano
Em 1889, a cidade de San Vicente passou a ser chamada Belgrano, como uma homenagem ao criador da bandeira, no entanto os moradores continuaram a usar o antigo nome.
A partir de 1º de janeiro de 1872 foi organizada a Câmara Municipal do departamento, tornando-se o primeiro governo municipal liderado por Don Vicente Maure. Em 1895 se constitui o primeiro Conselho Deliberativo cujo presidente foi Don Rufino Cubillas, acompanhado na sua gestão pelo Governador Don Abel Villanueva.
* Fundação da Cidade de Godoy Cruz
Em 9 de fevereiro de 1909 o poder Legislativo de Mendoza sancionou a Lei nº. 472, que declara uma cidade a que havia sido Villa Belgrano. Com isso se fixa definitivamente o nome de Godoy Cruz, em homenagem Dr. Tomás Godoy Cruz, representante de Mendoza no Congresso de Tucumán e também governador da província e legislador notável.
O aniversário do departamento de Godoy Cruz é celebrado no dia 11 de Maio.
