El departamento de Luján de Cuyo fue creado el 11 de mayo de 1855, con el nombre «Villa de Luján»; durante el gobierno del General Pedro Pascual Segura. Su municipio fue creado en 1872. El pueblo de Luján realizó un importante aporte a la historia de la independencia Argentina, tuvo una participación protagónica en la formación del Ejército de Los Andes. Se declaró «Ciudad» la Villa de Luján en octubre de 1949. En 1964, tanto ésta como el departamento pasaron a denominarse «Luján de Cuyo».
En principio cuando los españoles por orden del gobernador García Hurtado de Mendoza, al mando del capitán Don Pedro del Castillo llegaron al valle de Huentota en una expedición compuesta por sesenta españoles, mil quinientos indios auxiliares y un capellán, el Fraile Humberto de la Cueva, se encontraron un precario pero efectivo sistema de regadío artificial con el que la población local cultivaba papa y maíz originario de América y desconocidos en la época en Europa. El Capitán del Castillo denominó el sitio Mendoza – Nuevo valle de Rioja. Era el 2 de Marzo de 1561. El nombre era un homenaje al Gobernador de Chile Hurtado de Mendoza y la tierra natal de Castillo.
El sistema de riego era derivado de un canal que denominaban Goazap Mayu o Potu del Inca y que luego los españoles denominaron Acequia principal o río de la ciudad. La ciudad se ubicó en la margen derecha del canal.
Reemplazado en Chile Hurtado de Mendoza por el Capitán Villagra, el nuevo gobernante destaca una nueva expedición al mando del capitán Juan Jufré quien en un intento de eliminar lo hecho por Del Castillo traslada la ciudad a la margen izquierda a «dos tiros de arcabuz» al S.O. por encontrar el lugar más competente y rebautiza a la ciudad con el nombre de «Resurrección – Provincia de Huarpes».
Sin embargo el tiempo y los hechos fueron superados respetando el nombre de Mendoza. Es de destacar que la expedición española y la fundación de Mendoza tienen la particularidad que fue dispuesta por pedido de los indios de Cuyo, que querían que viniesen a darles «conocimientos de Dios y a poblar y tenerlos en justicia y razón». El gestor de los indios fue el Cacique Conecho que gobernaba las regiones de Uspallata, por delegación de los otros caciques, quien mandó en Embajada a Chile a su hijo Chacha.
Fue difícil el arraigo de los españoles al lugar, quienes generalmente residían en Chile, llegaron al extremo de quedar 12 españoles a los 4 años de haberse fundado Mendoza. El gobernador de Chile tomó medidas drásticas, tales como quitar los fondos a los «encomenderos» que no se radicaban y con ello fue aumentando el asentamiento y la población en el año 1600 ascendió a unos 80 pobladores españoles.
La buena disposición y mansedumbre de los indios hizo posible que los encomenderos se afianzaran, pero algunos españoles trasladaban los indios a Chile, con lo que fue afectándose la mano de obra india, lo que motivó su reemplazo con esclavos cuya introducción se autorizó. Ese tiempo de consolidación fue un largo y duro período y desde entonces el problema más agudo para la expansión era la provisión de agua, tanto para la población como para el cultivo. Era permanente la lucha con las fuerzas de la naturaleza, reconstruyendo lo que los aluviones destruían, las crecientes procedentes del río o de los «ríos secos» que bajaban de las serranías cercanas, era un verdadero azote, pero la falta de medios y el desapego de los pobladores, hicieron que transcurriera mucho tiempo para tomar decisiones para terminar con ésta situación. Cabe destacar que en general los españoles buscaban oro o plata y no hacerse agricultores. Sólo la necesidad y la falta de medios los arraigaba al nuevo suelo. La población no podía absorber los costos de las obras, ya que sus ingresos eran modestos, de manera que recién en el año 1788 pudo contratarse una obra del río para riego. Luego de un concurso pregonado por toda la ciudad se presentaron 2 licitantes: Don Nicolás Corvalán y Don Juan de Godoy, adjudicándose la obra al primero. Posteriormente a observaciones que formulara Corvalán, se rescinde el contrato y se adjudica la obra al arquitecto José Conte.
Con un presupuesto de 6000 pesos, avala la firma un fiador, el Sr. Pedro Espíndola. La obra consta en un muro que conforma una caja con dos arcadas y un puente. El material es cal y canto y su desarrollo es de unos 20 metros, aunque sus medidas, naturalmente están dadas en varas. El Sr. Conte, debido a que seguramente veía difícil terminar la obra por el presupuesto, la abandonó dejando a su fiador, Don Pedro Espíndola, como obligado a terminarla. El Sr. Espíndola de evidente responsabilidad, llegó a recurrir a hipotecar sus bienes y venta de dos de sus esclavos en Chile, pero aún así no consiguió dar fin a la misma, debido a lo cual solicitó del Cabildo la recepción en el estado en que se encontraba. A tal efecto solicitó una «visita de ojos» de la que resultó con diferencias; pero la sensibilidad de los cabildantes, no obstante, privó sobre éstas y se optó por la recepción y habilitación de la obra. Era el 6 de Agosto de 1791. En ese año Mendoza ya contaba con 8000 habitantes, la esperanza de la población era mucha; pero al año más o menos, se produjo el cambio del curso del río, quedando la obra aislada y abandonada. Con el tiempo se ha conformado una terraza superior en unos 3 metros respecto del lecho actual y el destino de esta Toma solo puede ser el Monumento del Agua, por que fue la primera obra hidráulica construida en el Virreinato del Río de la Plata, a estos fines y en un río de montaña. Recién en 1754 el procurador de la ciudad plantea la necesidad de tomar medidas concretas, pero no pasó de ser un episodio aislado. En 1776 con la creación del Virreinato del Río de la Plata, se modifica la estructura política y en el año 1783 Cuyo pasa a ser parte de la Gobernación de Córdoba del Tucumán, designándose como gobernador intendente al Marqués de Sobremonte.
El Marqués de Sobremonte se traslada en inspección a Mendoza en 1785 y aconseja al Cabildo de Mendoza soluciones a los problemas aluvionales, teniéndolos por los más importantes. Es una etapa de una total falta de planificación en una ciudad que ya cuenta con 6000 habitantes, pero Sobremonte era hombre progresista y dispone que se construya una Toma en el río que regule el Canal Zanjón, también un puente sobre esa Toma para pasar el río (hoy Mendoza), y un Tajamar que permita derivar a ciénagas excesos de agua en el Canal Zanjón. También en esta oportunidad se dispone la construcción de un canal que recolecte las aguas que descienden del piedemonte. Por limitar la zona cultivada pasó popularmente a denominarse Canal Jarillal. La designación original era Canal Real igual que su calle paralela, hoy Boulogne Sur-Mer. A principios del siglo XVIII, Mendoza progresaba en su comercio con otras provincias. Vino, aguardiente y aceitunas eran llevadas a Buenos Aires. Por aquellos años el transporte comercial se realizaba con carretas de madera, cubiertas con toldos de cuero y quinchas de totora o paja. Fue en estos tiempos cuando Don Pedro Molina y Vasconcelos, durante un viaje a Buenos Aires en las cercanías de la localidad de Luján, enfermó gravemente. El tropero prometió a la Virgen de Luján, traer una imagen de ella y levantar una capilla en su nombre si mejoraba. El tropero mejoró y cumplió la promesa. Se erigió la capilla en un costado de la plaza departamental donde actualmente se levanta el Palacio Municipal. En el terremoto de 1861 fue destruida. La iglesia actual se construyó entre 1909 y 1917.
